Permasalahan utama di bidang pangan selama ini adalah belum tercapainya swasembada pangan secara nasional, dan untuk menjamin ketahanan pangan, pemerintah melakukan kebijakan impor. Impor pangan tercatat terus meningkat dari tahun ke tahun, mulai dari komoditas tanaman pangan, produk ternak, hingga hortikultura. Kondisi ketahanan pangan yang demikian ini dikatakan rentan dan rapuh, karena adanya faktor ketergantungan dari pihak luar.
Pada tahun 2015, Indonesia telah memasuki awal masa bonus demografi karena memiliki komposisi penduduk dengan jumlah angkatan kerja usia produktif yang mendominasi komposisi penduduk. Beban tanggungan angkatan kerja yang rendah ini berpotensi dimanfaatkan sebagai momen lompatan pertumbuhan ekonomi untuk bertransformasi menjadi negara maju. Di sisi lain, bonus demografi juga menjadi tantangan besar bagi penciptaan kondisi ketahanan pangan dan jaminan sosial yang kondusif, mengingat hingga saat ini ketergantungan Indonesia terhadap bahan pangan pokok impor masih besar, sehingga perlu kebijakan yang kuat untuk mewujudkan kemandirian dan kedaulatan pangan di masa-masa yang akan datang, yang tidak hanya memperhatikan aspek pemenuhan saja tetapi juga aspek keseimbangan gizi.
Pertumbuhan ekonomi tidak terlepas dari pembangunan untuk pertanian, sementara keberhasilan pembangunan di sektor pertanian akan memicu sektor pembangunan lainnya. Keterkaitan antar sektor pembangunan tersebut bagaikan siklus telur dan anak ayam dan harus dikelola secara terintegrasi. Salah satu wujud pembangunan untuk pertanian akan ditandai dengan kemajuan Iptek bidang pertanian dan sekaligus menjadi solusi nyata setidak-tidaknya dalam dua hal berikut:
1. Teknologi harus menjadi solusi persoalan di bidang pertanian yang merupakan dampak perubahan iklim global; dan
2. Teknologi harus menjadi solusi untuk mengatasi keterbatasan sumber daya dalam upaya pemenuhan kebutuhan yang terus berkembang tanpa batas.
Solusi untuk kedua jenis persoalan tersebut di atas memicu 3 (tiga) revolusi Iptek terkait bidang pertanian yaitu bioteknologi, nanoteknologi, dan teknologi informasi. Peran ketiga teknologi tersebut dioptimalkan guna peningkatan kuantitas dan kualitas hasil pertanian, serta menjadi faktor pemicu peningkatan nilai tambah ekonomi bagi produk pertanian.
Beberapa kegiatan riset yang sangat mendesak untuk mengurangi impor dan meningkatkan kemandirian pangan adalah melalui peningkatan produksi pangan pokok untuk mengantisipasi kenaikan populasi bangsa Indonesia. Selain itu, kegiatan riset lain yang dinilai penting dalam waktu dekat ini adalah untuk mendukung peningkatan ekspor produk hilir dari produk unggulan ekspor di bidang perkebunan dan perikanan. Produk ekspor di bidang ketahahan pangan pada umumnya masih berupa produk hulu yang belum banyak mengalami proses, sehingga nilai tambah dan daya saing produk-produk tersebut masih rendah. Oleh karena itu, perlu dikembangkan industri-industri pengolahan (agroindustri) untuk pengembangan produk-produk hilir yang mempunyai nilai tambah dan daya saing tinggi. Melalui pengembangan agroindustri ini juga dapat diperoleh nilai tambah lain, seperti termanfaatkannya tenaga kerja untuk produksi dan pemasaran, dan pemasukan negara melalui pajak.
Oleh karena itu, pemilihan tema produk/riset yang terindikasi secara eksplisit di dalam Rencana Induk Riset Nasional (RIRN) dan Rencana Induk Pembangunan Industri Nasional (RIPIN) dilakukan secara desk study dan melalui focus group discussion (FGD) untuk mendapatkan tema dan topik yang representatif dan sesuai dengan fokus riset Pangan - Pertanian. Tema/topik riset yang didapatkan secara top-down, yakni mengacu pada arahan riset prioritas dari RIRN dan RIPIN, kemudian diintegrasikan dengan tema/topik riset yang bersifat bottom-up, yakni mengacu pada sumber daya yang dimiliki institusi dan komoditas pertanian unggulan Kalimantan, khususnya di Kalimantan Timur. Hasil integrasi untuk fokus riset Pangan - Pertanian dirangkum sebagaimana ditunjukkan pada tabel di bawah ini:
Riset Ketahahan Pangan diharapkan mampu menghasilkan jenis komoditas pangan dan/atau varietas unggul yang adaptif terhadap kondisi agro-ekosistem masing-masing karakteristik lahan sub-optimal. Hal ini penting mengingat Indonesia memiliki lahan sub-optimal yang sangat luas, mencakup lahan kering masam, rawa lebak, rawa pasang surut, rawa, gambut, lahan kering iklim kering. Sementara itu, teknologi untuk pengelolaan lahan sub-optimal relatif telah tersedia.